در سال ۱۹۶۶، سيسون به عنوان صدر جنبش پيشرفت براي ناسيوناليسم انتخاب شد. اين يک سازماني بود که براي استقلال و دموکراسي در فيليپين مبارزه مي کرد.
بين سالهاي ۱۹۶۳ تا ۱۹۶۸، سيسون سردبير نشريه پروگرسيو رويو نيز بود. در سال ۱۹۶۹، سيسون به مسئوليت مهمي در زندگي سياسي و مبارزاتي خود دست يافت. در اين سال او را به عنوان صدر کميته مرکزي حزب کمونيست فيليپين برگزيدند. در کنگره‌اي که بين روزهاي ۲۶ دسامبر ۱۹۶۸ تا۷ ژانويه ۱۹۶۹ در جنوب استان تارلاک در شهر لوزون برگزار شد اين مسئوليت مهم را بر دوش او گذاشتند.

سال 1977 خوزه ماريا سيسون به اتهام شورش و رهبري اقدامات نظامي عليه دولت به زندان افتاد و سال‌ها را در شرايط مخوف زندانهاي فيليپين گذراند. بسياري از اشعار سيسون مربوط به اين دوره از زندگي مبارزاتي اوست.

دشمن مي خواهد ما را
در عمق زندانها به فراموشي بسپارد.
اما اينجا،
دردل سياه زمين
معدني از طلاي درخشان است.

و مرواريدهاي رخشان
در عمق درياها خفته‌اند.

رنج و شکنج را تاب مي آوريم
و طلا را و مرواريد را
از عمق خويش
کز سالهاي مبارزه آبديده گشته اند
بالا مي کشيم.

ابرهاي سياه
در دل گرمايي سمج خفته‌اند
اما
رعد و برق
خبر از رويشي نوين مي دهند
در دل باران.

بادها مي گسترند
رودخانه ها ژرفا مي يابند
و از کوهستانها فرو مي ريزند.
بر زبان،
خبري را زمزمه مي کنند
                                 رودخانه‌ها
خبر آمدن باران،
                       به دشتها را.

درختان شاخه‌هاشان را به آسمان فراز مي کنند
و در رقصي شورانگيز درگيرند
بيشه زارها به نغمه،
                     با درختان هم آواز شده‌اند.

برگهاي ريخته در باد فراز مي شوند
و بر دشتهاي ناهموار فرو مي ريزند
آبچراها روان گشته‌اند و
                                   جريان آب
                                           در دل زمين رخنه‌ها مي گشايد.

16 ژوئن 1978